Nel Giappone feudale, il supremo capo politico-militare, teoricamente sottomesso all'imperatore, ma praticamente indipendente e investito di pieni poteri. Il termine è l'abbreviazione di Sei-i-tai-shogun, che significa letteralmente "generalissimo inviato contro i barbari".
Nel 1180 Minamoto no Yoritomo aveva scelto Kamakura (una piccola città del Kantô, a sud dell'odierna Tôkyô) come base militare da cui dirigere la guerra contro i Taira; anche dopo la sua vittoria egli scelse di non trasferirsi nella capitale ma di rimanere a Kamakura per non perdere il contatto con le famiglie militari alleate su cui si basava il suo potere. A differenza dei suoi predecessori, Yoritomo non aspirava a cariche ufficiali a corte; nel 1192 si fece invece nominare shôgun (generale supremo dell'esercito) con il privilegio di poter trasmettere la carica ereditariamente ai propri discendenti. In origine il titolo di shôgun veniva attribuito in via temporanea ai generali incaricati di spedizioni militari contro i "barbari del Nord" (Ainu), ma con Yoritomo il titolo divenne permanente e si rivestì di un potere sempre maggiore.
Yoritomo confiscò le terre che erano state dei Taira e le distribuì ai propri alleati. Inoltre si assicurò il controllo anche sui rimanenti territori istituendo la nuova figura dei jitô, funzionari militari che erano nominati direttamente da Kamakura e che avevano il compito di amministrare i territori per conto dei proprietari lontani (spesso nobili che risiedevano alla corte di Heian). A loro volta i jitô erano controllati da sovrintendenti provinciali (shugo) che avevano compiti di mantenimento dell'ordine pubblico e di polizia e che riferivano direttamente allo shôgun.
Inizia così quello che solitamente viene considerato come il periodo medioevale della storia giapponese. In effetti il rapporto esistente tra lo shôgun e i suoi sottoposti era molto simile a quello tra i signori feudali e i loro vassalli nel Medioevo europeo: si trattava di un rapporto basato sul legame personale tra signore e vassallo e tra le rispettive famiglie più che su una funzione svolta all'interno di un ordinamento burocratico. In questo rapporto il vassallo assumeva un obbligo assoluto di fedeltà verso il proprio signore, che si esprimeva soprattutto nel fornirgli truppe in caso di conflitto; in cambio in signore concedeva ai propri vassalli protezione in caso di aggressione e il diritto a godere delle rendite derivanti dalle terre date in concessione. Tutti questi funzionari militari erano nominati e dipendevano direttamente dallo shôgun; la loro attività era coordinata da uffici centrali dalla struttura molto semplice che risiedevano a Kamakura ed operavano soprattutto in base ad un diritto consuetudinario più che su leggi scritte.
Come nel caso del sistema feudale europeo, anche il governo shôgunale giapponese costituisce quindi il compromesso tra un'idea di stato centrale e burocratico (incarnata dalla figura dell'Imperatore) e una gestione del potere locale basata sui rapporti personali e sui vincoli familiari che deriva ultimamente da tradizioni tribali. In Europa queste due tradizioni possono essere fatte risalire alla giurisprudenza dell'Impero Romano ed alle tradizioni dei clans barbarici dell'Europa centro-settentrionale; in Giappone le due "anime" sono costituite dall'idea di stato centralizzato e burocratico importato dalla Cina dei Tang e dalla struttura sociale preesistente basata su piccole unità tribali (uji).
A differenza di quanto avvenne in Europa però in Giappone (almeno inizialmente) la struttura feudale non sostituì completamente la struttura burocratica del governo centrale ma si affiancò ad essa. Si venne quindi a creare in Giappone un doppio sistema di potere, che aveva due centri distinti nella corte imperiale di Heian e nel nuovo bakufu ("governo della tenda") di Kamakura. Ciascuno dei due governi aveva un proprio sistema amministrativo, legislativo e fiscale; sia l'Imperatore che lo shôgun emettevano propri editti, avevano propri funzionari e riscuotevano proprie tasse.
Questo sistema misto continuò per tutto il periodo Kamakura, formalmente senza atriti in quanto le due strutture avevano in teoria ambiti di potere ben distinti (l'Imperatore aveva giurisdizione sui civili e lo shôgun sui militari); in pratica però il governo shôgunale andava diventando sempre più importante e quello imperiale diventava puramente nominale. In particolare i funzionari del bakufu cominciarono a dirottare verso le casse proprie e dello shôgun una parte sempre maggiore delle rendite che precedentemente spettavano alla nobiltà di corte e all'imperatore. All'inizio del periodo Kamakura la frazione di tasse assorbite dai jitô era di poco superiore al 10%, ma essa crebbe progressivamente fino a diventare del 50% verso l'inizio del 1300 d.C.
Naturalmente ciò provocò un progressivo impoverimento della corte imperiale ed una parallela perdita di potere economico e militare. Durante il periodo Kamakura questo fenomeno fu comunque parziale: l'Imperatore e la nobiltà di corte mantennero comunque possedimenti terrieri e quindi godettero di un certo potere economico che tra l'altro consentiva loro di condurre un'esistenza agiata e di proseguire il modo di vivere raffinato del periodo Heian.
Nel secolo successivo, a partire dal tutto il potere politico effettivo passò nelle mani dello shôgun e la figura dell'Imperatore fu relegata ad un ruolo puramente nominale e sacrale. Da quel momento e fino a tutto il periodo Edo lo stato giapponese fu quindi caratterizzato da una separazione tra il potere politico effettivo (detenuto dallo shôgun) e l'autorità nominale dell'Imperatore, che peraltro non fu mai messa in dubbio poiché formalmente lo shôgun veniva nominato dall'Imperatore.
